श्री पूर्णप्रज्ञ तीर्थांचा जन्म श्री विठ्ठल भट्ट मटकर यांचे दुसरे पुत्र ‘गणेश भट्ट मटकर’ म्हणून झाला.

गुरु श्री आनंद तीर्थ यांनी गोकर्ण मठात त्यांना संन्यास दीक्षा देऊन ‘श्री पूर्णप्रज्ञ तीर्थ’ असे नाव दिले.

शक १७५० मध्ये आपले गुरु श्रीमद् आनंद तीर्थ यांच्या महानिर्वाणानंतर ते गुरुपीठावर विराजमान झाले.

त्यांचा गुरु म्हणून कार्यकाळ ५० वर्षांहून अधिक होता.

श्रीमद् पूर्णप्रज्ञ तीर्थ हे एक महान विद्वान होते; मध्वाचार्यांच्या ‘ब्रह्मसूत्र भाष्या’वर त्यांचे विलक्षण प्रभुत्व होते. त्यांनी मध्वाचार्यांच्या इतर ग्रंथांचाही सखोल अभ्यास केला आणि अनेक विद्यार्थ्यांना शिक्षण दिले.

ते त्यांच्या पांडित्यासाठी आणि भौतिक सुखांपासून असलेल्या अलिप्ततेसाठी ओळखले जात. त्यांनी काशीतील एका विद्वान पंडिताकडून आणि स्वयंअध्ययनातून ज्ञान संपादन केले होते.

शक १७९९ मध्ये त्यांनी पैंगीण येथील परशुराम मंदिरात ‘सहस्त्र-ब्राह्मण-संतर्पण’ (हजार ब्राह्मणांना भोजन) घातले.

त्यांनी माशेम येथील निराकार मंदिराच्या मागील खाडीवर आणि पैंगीण येथील नारायण मंदिराजवळील नदीवर पूल बांधले.

शक १७८१-१७८२ च्या सुमारास त्यांनी भारतभर तीर्थयात्रा सुरू केली, जी सुमारे ३ वर्षे चालली

या यात्रेत त्यांनी दक्षिण आणि उत्तर भारतातील श्रीशैल, तिरुपती, कांची, रामेश्वरम, कन्याकुमारी, त्रिवेंद्रम, कोल्हापूर, प्रयाग आणि काशी यांसारख्या प्रमुख तीर्थक्षेत्रांना भेटी दिल्या.

काशीमध्ये ते मठाच्या इमारतीत राहिले, दिवसातून तीन वेळा गंगेत स्नान केले आणि तिथेही ‘सहस्त्र-ब्राह्मण-भोजन’ घातले.

त्यांनी काशीच्या राजाकडे कायमस्वरूपी ठेव (Deposit) ठेवली, जेणेकरून दररोज १२ ब्राह्मणांना भोजन दिले जावे.

काशीतील विद्वान ब्राह्मणांशी त्यांनी शास्त्रचर्चा केली आणि त्यांच्या विद्वत्तेची दखल घेऊन त्यांना ‘सन्मान पत्र’ बहाल करण्यात आले.

त्यांच्या कार्यात त्यांचे शिष्य श्रीमद् पद्मनाभ तीर्थ यांनी मोलाची मदत केली. त्यांच्या काळात अनेक जमिनींची खरेदी करण्यात आली, ज्याची जबाबदारी प्रामुख्याने शिष्यांनी सांभाळली.

काणकोणमध्ये पोर्तुगीज राजवट स्थापन झाल्यानंतर सरकारने मठाच्या कारभारात हस्तक्षेप करण्याचा प्रयत्न केला. सरकारने चौकशीचे आदेश दिले आणि मठाच्या प्रशासनासाठी समित्या नेमल्या.

हे प्रकरण पोर्तुगालमधील संबंधित मंत्रालयापर्यंत नेण्यात आले, ज्याने शेवटी स्वामीजी आणि मठाच्या बाजूने निकाल दिला.

श्रीमद् पूर्णप्रज्ञ तीर्थांनी शक १८०१, प्रमाथी संवत्सर, ज्येष्ठ शुद्ध द्वितीया रोजी समाधी घेतली. त्यावेळेस त्यांचे शिष्य श्रीमद् पद्मनाभ तीर्थ पीठावर विराजमान झाले होते.